גילוי
שבע המגילות הראשונות נתגלו על ידי בדווים משבט הת'עמרה בסוף שנת 1946 או בראשית שנת 1947 במערה (לימים 'מערה מס.1'), ליד חורבת קומראן שבחוף הצפוני-מערבי של ים המלח. שלוש מתוכן נרכשו מיד בידי הארכאולוג פרופ' אליעזר ליפא סוקניק עבור האוניברסיטה העברית ואילו הארבע הנותרות נקנו בידי המטרופוליט (ראש הכנסייה הסורית האורתודוקסית בירושלים) מר אתנסיוס סמואל. ב-1948, בשל מצב הביטחון המעורער ששרר בישראל, הבריח אתנסיוס סמואל את המגילות שבידו לארצות הברית בתקווה למצוא להן קונה. רק בשנת 1954 עלה הדבר בידו, ובנו של פרופ' סוקניק, יגאל ידין, שהיה ארכאולוג גם הוא, רכש אותן מטעם מדינת ישראל. בראשית 1955 אוחדו כל שבע המגילות בירושלים ולימים הן הופקדו בידי קרן היכל הספר. משנת 1965, שנת חנוכת מוזיאון ישראל והיכל הספר בתוכו, הן שמורות ומוצגות בהיכל הספר, הנקרא מרכז ד' סמואל וג'ין ה' גוטסמן לכתבי-יד מקראיים.
בשנים שאחרי גילוי המגילות הראשונות, 1949 – 1956, גילו הבדווים וארכאולוגים ממשלחת בית-הספר הצרפתי למקרא ומוזיאון רוקפלר, בראשותו של האב פרופ' ר' דה-וו, קטעים נוספים מ-950 מגילות שונות. הכתבים נמצאו בעשר מערות נוספות, כ-15,000 שרידים במערה מספר 4. המערה האחרונה, מערה מספר 11, התגלתה בשנת 1956, ובתוכה מגילות נוספות – האחרונות שהתגלו עד היום. מאז, רק שרידי כתבים מעטים התגלו במערות ברחבי מדבר יהודה, אך לא בסביבת חורבת קומראן.
מלבד שבע המגילות הראשונות, שהופקדו בידי מוזיאון ישראל, רוב השרידים הנותרים הם רכושה של רשות העתיקות של מדינת ישראל. מספר מגילות מצויות בחזקתן של מוסדות מחוץ לישראל, כמו המוזיאון לארכאולוגיה של ירדן בעמאן, והספרייה הלאומית של צרפת בפריס, או בידיים בפרטיות (אוסף שחויין, נורבגיה).
הארכאולוג פרופ' אליעזר ליפא סוקניק
מגילת ההודיות לפני פתיחתה