מגילת המקדש
מגילת המקדש (11Q19) התגלתה, כנראה, בשנת 1956 במערה 11 המצויה כ-2 ק"מ צפונית לח'רבת קומראן. המגילה כתובה בכתב עברי מרובע משלהי ימי הבית השני (המחצית הראשונה של המאה ה-1 לספירה) על גבי קלף דק ביותר (עשירית המילימטר), הדק ביותר בקלפים שנמצאו במערות קומראן. שני עותקים נוספים של החיבור הגיעו לידינו: אחד במערה 11 (11Q20) והאחר (אולי שריד של החלק האחרון של החיבור) במערה 4 ([4Q524] 4QTemple Scrollb). רוב החוקרים סבורים שכל שלושת כתבי היד הועתקו מחיבור אחד שנכתב בישראל במחצית השנייה של המאה ה-2 לפנה"ס (מאוחר לשנת 120 לפנה"ס, אולי בימי מלכותו של יוחנן הורקנוס הראשון).
מגילת המקדש מורכבת מ-18 גיליונות קלף, על כל אחד מהם שלוש או ארבע עמודות טקסט. אורך המגילה 8.146 מ' והיא הארוכה בכל המגילות שהתגלו במערות קומראן. מחציתה השנייה של המגילה הגלולה, שהייתה החלק הפנימי, שמורה טוב יותר מן הראשונה.
לדברי החיבור הוא מוסר את פרטי הנחיותיו של האל (למשה?) לבניין המקדש והעבודה בו. נראה שהספר היה אמור להיות כעין 'תורה חדשה' ובו שילוב שיטתי של הלכות עבודת המקדש וקרבנותיו (בעיקר מתוך ספר שמות, ויקרא ובמדבר), עם גרסות חדשות של אותם חוקים כפי שהם מופיעים בספר דברים בפרקים יב – כג. מתחם המקדש, כמתואר במגילה, היה אמור להיות מאורגן בשלוש חצרות מרובעות, חד-מרכזיות, בדומה למחנה ישראל במדבר. כשם שהמשכן עמד בלב מחנה ישראל, כך היה גם המקדש האוטופי, ובו מזבח השלמים ושאר כלי המקדש, צריך לעמוד בלבה של חצר פנימית; המקדש וכליו יכול אז להקרין קדושה על כלל עם ישראל וארץ ישראל, בדיוק כפי שעשה המשכן בימי נדודי ישראל במדבר.
שאלה מרכזית נשאלת בנוגע לחוגים שמהם יצא חיבור זה: בעוד שרבות מתכונותיו של החיבור משותפות לו ולחיבורי הכת האחרים אשר התגלו במערות הסמוכות לקומראן, נעדרים ממנו ביטויים אופייניים כמו 'בני אור', או מושגים מרכזיים כמו האמונה בגזירה קדומה. למרות זאת חוקרים רבים מייחסים את מגילת המקדש לכת המתבודדת שחייתה בקומראן, ואילו אחרים דוחים כל קשר אתם ועומדים על כך שמקורו של החיבור בחוגים כהניים (אולי צדוקיים), וכי כהנים קנאים שנמלטו מירושלים לפני שנהרסה בידי הרומאים בשנת 70 לספירה הם שהסתירו את המגילה במערה.